Pur tra le difficoltà che gli venivano dallo sviluppo dell’Ordine e tra i dolori delle malattie, Francesco era pervaso da una vera, perfetta letizia e poteva pensare alla stessa morte esclamando: «Ben venga sorella morte!», come una volta rispose al medico che gli annunciava una fine imminente. Consapevole delle sue condizioni, Francesco chiese di essere trasportato dalla Verna ad Assisi: voleva finire i suoi giorni là dove il Signore lo aveva chiamato ad una vita nuova, presso quella chiesa della Porziuncola che egli aveva tanto amato in vita e che era diventata il cuore del suo Ordine.

Qualche giorno prima di morire, chiamò i suoi frati, si spogliò della sua povera tonaca e si stese, nudo, sulla nuda terra, coprendosi con la mano ferita del costato. E disse ai frati: «Io ho fatto la mia parte; la vostra ve la insegni Cristo». Il frate guardiano si ricolse allora a Francesco e gli diede una tonaca, dichiarando che gliela concedeva solo in prestito; il santo la accettò e se ne rivestì, felice di poter morire totalmente fedele alla sua povertà, senza possedere neppure l’abito che indossava, proprio come quel giorno, ormai lontano, della sua giovinezza, quando si era spogliato davanti al padre e al vescovo.

Ancora una volta, prima di morire, fece chiamare i suoi frati, e li esortò con affetto all’amore di Dio, raccomandando in particolare l’amore fraterno, l’obbedienza alla Chiesa e la fedeltà alla santa povertà. Volle poi compiere un gesto a lui caro: stese sopra di loro le mani, intrecciando le braccia a forma di croce, e li benedisse tutti, presenti e assenti, nel nome del Signore crocifisso.

Chiese poi che gli portassero il libro del Vangelo, quel Vangelo che gli aveva rivelato come vivere, segnando ogni suo gesto e contrassegnando perfino il suo corpo e volle che si leggesse un brano di Giovanni, dove si narra l’Ultima Cena del Signore, i suoi discorsi d’addio ai discepoli e la sua passione e morte. Ancora una volta, la parola del Vangelo si realizzava nella vita di Francesco, che moriva come Gesù, segnato dalle sue stesse piaghe, obbediente al Padre fino alla fine.